fibroscan racibórz

Ponadto nasze eksperymentalne podejście powinno mieć szerokie zastosowanie w badaniu innych rzadkich chorób, w których podejrzewa się geny podatności. Wyniki Sekwencjonowanie DNA u pacjentów z FSGS. Przeprowadziliśmy wysokoprzepustowe badania sekwencjonowania DNA, skupiając się na 2500 genach (~ 7 Mb) (Tabela uzupełniająca 1, materiał dodatkowy dostępny online w tym artykule; doi: 10.1172 / JCI82592DS1), które są silnie eksprymowane w podocytach, uzasadniając, że podatność genetyczna być wewnętrznym względem podocytu (dodatkowa Figura 1A). Lista genów, które zsekwencjonowaliśmy obejmowała większość genów obecnie zaangażowanych w rodzinną FSGS (13, 19. 23), około 200 genów, które są funkcjonalnie połączone z tymi genami, 677 genów wybranych na podstawie ich wysokiej ekspresji w mikrokredytowanych ludzkich kłębuszkach (24 ) i 1600 ludzkich ortologów wysoko eksprymowanych genów zidentyfikowanych przez mikromacierze DNA podocytów myszy (25. 27). Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie DNA od 214 pacjentów pochodzenia europejskiego z FSGS z potwierdzoną biopsją, w tym 192 pacjentów z sporadycznym FSGS i 22 z rodzinnym FSGS. Próbki DNA uzyskano od pacjentów biorących udział w wieloośrodkowym badaniu NIH FSGS z potwierdzoną biopsją (16) oraz od pacjentów zdiagnozowanych na Uniwersytecie Waszyngtońskim. Wszyscy badani wyrazili świadomą zgodę na badania genetyczne. Skupiliśmy się na pacjentach o europejskim pochodzeniu, ponieważ dostępny był dobrze scharakteryzowany zestaw kontrolny wykorzystywany do badań genetycznych nad autyzmem, ale niezaangażowany w chorobę nerek, który miał podobne pochodzenie genetyczne (28). Podobny zbiór danych kontrolnych dla pacjentów z domieszką domieszek afrykańskich i afrykańskich nie był dostępny w czasie przeprowadzania tego badania sekwencjonowania, co uniemożliwiło nam włączenie tych pacjentów do naszej analizy. Aby potwierdzić, że nasze dane sekwencjonowania pacjentów były porównywalne z danymi z naszej grupy kontrolnej, przetworzyliśmy dane dla pacjentów i kontroli w jednej partii, z danymi surowymi dopasowanymi do ludzkiego genomu (29. 31). Głębokość pokrycia została porównana pomiędzy pacjentami i kontrolami, a tylko te egzony objęte odpowiednio (> 20 razy) i podobnie, zarówno u pacjentów, jak i kontrolnych, zostały przesunięte na etap analizy (Dodatkowa Figura 1B). Podsumowując, 16,784 egzony i 2,769,942 bp były pewnie pokryte w kohorcie pacjentów i grup kontrolnych, co dało 16008 SNP i 1724 geny analizowane w ostatecznym zbiorze danych. Zgłoszenia SNP były jednakowo reprezentowane u pacjentów i kontrolnych. Trzydziestu dwóch pacjentów usunięto z badania, ale zarezerwowano do obserwacji, ponieważ ślad pochodzenia latynoskiego wykryto za pomocą analizy głównego składnika (PCA) (Figura 1, ACH). Trzech pacjentów usunięto, ponieważ wskaźnik wykupu SNP wynosił mniej niż 95%. Pozostali pacjenci FSGS (157 sporadycznych i 22 rodzinnych) mieli podobną liczbę SNP, genotypów heterozygotycznych i genotypów zawierających alternatywny allel na próbkę (Figura 1, E. G), co pozwala nam przejść do analizy asocjacji. Nasz ostateczny zbiór danych zawierał 179 pacjentów i 378 kontroli i obejmował 157 sporadycznych i 22 rodzinnych pacjentów z FSGS. Dokładność naszej strategii analitycznej została potwierdzona przez ponowne sekwencjonowanie kluczowych SNP przy użyciu sekwencjonowania Sanger i pokazanie, że sekwencjonowanie tej samej próbki zarówno w Broad Institute, jak i Washington University dało podobne wyniki. Rysunek Porównywalność pacjentów i kontroli. (A) Wykres PCA pacjentów z FSGS i 1000 próbek genomu. Wstawka pokazuje rozkład przypuszczalnych pacjentów z FSGS z Europy Północnej na wykresie PCA w odniesieniu do 1000 próbek genomu. (B) Powiększony widok wstawionego obszaru w A. (C) Analiza PCA pacjentów i kontroli jest przedstawiona jako odległość od miejsca pochodzenia. Trzydziestu dwóch pacjentów o bardzo podobnym profilu wariantowym, ale z odległością powyżej 0,9, usunięto i zastosowano jako grupę kontrolną
[patrz też: osa a pszczoła, penire plus opinie, pęcherzowe oddzielanie się naskórka ]