specjalistyczny zakład opieki zdrowotnej konsylium kalisz

(D) Dokładny test Fishera dla typowych wariantów (MAF> 5%) wykazał brak stratyfikacji i potwierdził ważność i jakość naszej metody do dopasowywania przypadków. (E) Porównanie całkowitej liczby wariantów na próbkę wykazało, że pacjenci i kontrole były podobne. (F) Porównanie całkowitej liczby genotypów heterozygotycznych wykazało, że pacjenci i kontrole były podobne. (G) Porównanie całkowitej liczby genotypów heterozygotycznych i homozygotycznych zawierających alternatywny allel wykazało, że pacjenci i kontrole były podobne. EUR, europejski; HISP, Hiszpanie; AFR, afrykański; EAS, East Asian; VAR, warianty; HET, heterozygota; PC1, główny składnik 1; PC2, główny składnik 2; KG, z bazy danych 1000 genomów. Żadne geny podatności nie zostały zidentyfikowane za pomocą analizy jednozmiennej. Test asocjacyjny badający pojedyncze warianty (częstość mniejszych alleli [MAF]> 1%) został wykonany przy użyciu dokładnego testu Fishera. Nie wykryto wariantów z wartością P poniżej progu wielopunktowego (2 × 10. 5) (Tabela dodatkowa 2). Brak znaczenia nie jest zaskakujący, biorąc pod uwagę stosunkowo mały rozmiar naszej próbki. Ta analiza potwierdziła, że rozkład wariantów synonimicznych i błędnych był podobny u pacjentów i osób z grupy kontrolnej (ryc. 1D). Tabela pokazuje listę 10 najlepiej ocenionych wariantów. Wszystkie warianty są wariantami missense. Jako kontynuację przeanalizowaliśmy 32 próbki z domieszką Hispanic, w połączeniu z 23 dodatkowymi europejskimi próbkami przodków, które zostały zsekwencjonowane z kohorty zespołu Nephrotic Syndrome Study Network (NEPTUNE) (32). To potwierdzone wzbogacenie 3 wariantów sekwencji sensuzy w WNK4, KANK1 i ARHGEF17 (Tabela 1). Co ciekawe, KANK1 został niedawno zidentyfikowany jako gen podatności na rodzinny zespół nerczycowy (33). Tabela Pojedyncze warianty wzbogacone u pacjentów w porównaniu do kontroli i w kohorcie kontynuacyjnej Analiza wariantów rzadkich zidentyfikowała 6 nowych potencjalnych genów podatności na FSGS. Przeanalizowaliśmy rzadkie warianty (MAF <1%) za pomocą testów, w których porównano całkowitą liczbę rzadkich wariantów pomiędzy pacjentami i kontrolami. Obecnie uważa się, że istnieje odwrotna korelacja między częstotliwością allelu i potencjalnym ryzykiem. Tak więc, dla każdego genu testowaliśmy 2 odrębne tryby dziedziczenia dla FSGS: zwiększona obecność skrajnie rzadkich alleli, które są wysoce niszczące i dlatego wysoce penetrantowe (model 1) lub obecność niskiej częstotliwości i mniej szkodliwych allele z ryzykiem i zmiennością ochronną wymieszaną z neutralną zmiennością (model 2). Aby rozróżnić te dwa modele, przeanalizowaliśmy 2 podzbiory wariantów. W przypadku pierwszego modelu użyliśmy przeglądarki Exome Aggregation Consortium (ExAC) (http://exac.broadinstitute.org), aby zidentyfikować 5662 missense i warianty utraty funkcji w naszym zestawie danych, które występują z częstotliwością mniejszą niż 0,01 % w populacji europejskiej. Następnie przebadaliśmy obciążenie tych rzadkich wariantów u pacjentów z FSGS w porównaniu do kontroli (Tabela uzupełniająca 3 i pozycja 34). Korzystając z tej analizy, stwierdziliśmy, że żadne geny nie osiągnęły poziomu istotności statystycznej dla rzadkich, wysoce penetrantowych wariantów w tym modelu. Aby zbadać drugi model obejmujący ryzyko niskiej częstotliwości i warianty ochronne, wybraliśmy wszystkie warianty missense i loss-of-function z MAF poniżej 1% i porównaliśmy ich rozkład pomiędzy pacjentami i kontrolami, stosując 2 różne rzadkie testy wariantów: zmienna próg (VT) (35) i C-. test (36). Ponieważ rozmiary efektów wariantów różnią się, dokładność każdej metody może się różnić w zależności od konkretnej sytuacji. Używając wartości P mniejszej niż 0,05 (skorygowanej Bonferroni P <0,00003) jako wartości granicznej, nie zidentyfikowano żadnych genów, które przekroczyłyby tę wartość, ale 8 genów (WNK4, APOL1, DLG5, GCC1, XYLT1, KAT2B, BPTF i COL4A4) miał wartości P zbliżone do wartości skorygowanej Bonferroni (P <0,00006 do P <0,0008, Tabela 2 i Tabela dodatkowa 4) [hasła pokrewne: orteza na kolano, operacja kręgosłupa szyjnego, pluskwy ugryzienia ]