stomatolog gryfów śląski

Innowacją naszego podejścia było opracowanie solidnego rurociągu, który pozwolił na wykorzystanie danych dotyczących osób zsekwencjonowanych w innych badaniach jako kontroli. Umiejętność łączenia zbiorów danych generowanych w różnych instytucjach dla różnych rodzajów badań stanie się coraz ważniejsza i potężniejsza, ponieważ sekwencjonowanie staje się coraz powszechniejsze. W naszych wstępnych badaniach stwierdziliśmy, że efekty serii spowodowane różnymi podejściami stosowanymi do sekwencjonowania w różnych instytucjach mogą być czynnikiem zakłócającym korzystanie z analizowanych danych generowanych w 2 różnych instytucjach. Jednakże, stosując to samo sekwencjonowanie odczytu i wariantu wywoływania potoków do pierwotnych danych sekwencjonowania zarówno od pacjentów, jak i kontrolnych, byliśmy w stanie wyeliminować tę zmienną. Zatwierdziliśmy nasze podejście, ustanawiając metodę genotypowego dopasowywania przypadków i usuwając wszelkie stratyfikacje, a także sprawdzając, że pierwotne dane z 2 różnych instytucji wykorzystujących tę samą kontrolną próbkę DNA dały podobne wyniki. Używając wartości P mniejszej niż 0,05, nie zidentyfikowano genów za pomocą rzadkiej lub jednoklazyjnej analizy, która osiągnęła znaczenie całego genomu z powodu wielokrotnej korekty testu Bonferroniego. Ponieważ test Bonferroniego wydaje się być konserwatywny, zebraliśmy listę 8 najlepszych genów zidentyfikowanych przez rzadką analizę wariantową i 3 najlepsze geny zidentyfikowane przez analizę pojedynczego wariantu z wartościami P, które były bliskie skorygowanej Bonferroni wartości P. Wspierając prawdziwość tej analizy, 3 z genów, APOL1, COL4A4 i KANK1, były już znane genom podatności na FSGS (13, 16, 33, 37), a WNK4 został zidentyfikowany na obu listach. Wstępnie zsekwencjonowaliśmy ponad 700 próbek FSGS z potwierdzoną biopsją, ale większość z tych próbek została domieszkowana genetycznie, co uniemożliwiło dalszą analizę z powodu braku dopasowanych kontroli. Dlatego skupiliśmy się wyłącznie na pacjentach o europejskim rodowodzie, zdefiniowanych przez PCA. Ponieważ liczba pacjentów pochodzenia europejskiego z FSGS z potwierdzoną biopsją jest wyjątkowo mała, nie jest możliwe zebranie prawdziwego badania replikacji. Również ze względu na koszty, badania kontrolne przypadku z replikacją z wykorzystaniem całego egzema lub sekwencjonowania całego genomu na ogół były bardzo ograniczone i nie są jeszcze powszechne w literaturze. Jako podejście potwierdzające, wykorzystaliśmy 33 próbki, które wyeliminowaliśmy z powodu hiszpańskiej domieszki i 23 dodatkowe próbki przodków europejskich, które zsekwencjonowaliśmy po pierwotnej analizie jako potwierdzający lub uzupełniający zbiór danych. Nasza analiza tego drugiego zestawu danych potwierdziła zwiększone obciążenie rzadkimi wariantami w 6 wymienionych rzadkich wariantach, a także wzrost 3 wspólnych wariantów (Tabela 1). Ponieważ WNK4 został zidentyfikowany w obu procesach, a APOL1, COL4A4 i KANK1 są znanymi genami, w naszej analizie sekwencjonowania zidentyfikowano co najmniej 7 nowych genów kandydujących. Podczas gdy grupy były małe, rozkład wariantów nie wydawał się znacząco różnić pomiędzy sporadycznymi i rodzinnymi przypadkami FSGS. Pełne podsumowanie naszych wyników znajduje się w tabeli 1. Zaskoczyło nas, że identyfikujemy wariant APOL1 G1 u 4 badanych oraz u 7 osób w naszym zestawie kontrolnym, ponieważ jest on rzadki w populacjach nieafrykańskich. Wzbogacenie tego wariantu u 11 z 208 naszych nieafrykańskich osobników sugeruje, że ten konkretny allel może oddziaływać z innymi wariantami, co prowadzi do podatności na FSGS. Potwierdza to wzbogacanie rzadkich, przewidywanych, szkodliwych wariantów APOL1 u naszych pacjentów. Wzbogacenie naszych europejskich amerykańskich podmiotów o warianty wspólne dla Afroamerykanów, ale rzadkie u europejskich Amerykanów, znaleziono również w WNK4, KANK1 i ARHGEF17. Brak sąsiadujących afrykańskich SNP sugeruje, że są to warianty przodków, a nie domieszki. Metoda sprawdzania poprawności
[więcej w: penire plus opinie, pluskwy ugryzienia, płesznik ]