wielkanocne potrawy na świecie

Ponieważ test Bonferroniego wydaje się być konserwatywny, a APOL1 (13-15) i COL4A4 (37) są znanymi genami FSGS, wybraliśmy te geny do dalszej analizy jako potencjalne geny podatności na FSGS. Tabela 2 Topowe geny zidentyfikowane za pomocą rzadkich analiz wariantów Nasza analiza niezwykle rzadkich wariantów (MAF <0,01%) w tym zbiorze 8 genów wykazała wzbogacenie w 3 z tych genów: GCC1, APOL1 i COL4A4. Badanie naszej grupy kontrolnej (55 próbek) potwierdziło wzbogacenie podzbioru tych samych rzadkich wariantów występujących w naszej większej kohorcie we wszystkich genach oprócz COL4A4 (Tabela 2), potwierdzając wyniki naszej rzadkiej analizy wariantów. Ponieważ APOL1 i COL4A4 były już znane (13-15, 37), pozostała część zidentyfikowanych genów (BPTF, DLG5, GCC1, KAT2B, WNK4 i XYLT1) może reprezentować 6 nowych potencjalnych genów podatności na FSGS. Warto zauważyć, że WNK4 zidentyfikowano również za pomocą analizy jednoczynnikowej. Co ciekawe, 4 pacjentów ze sporadycznym FSGS nosiło wariant APOL1 G1 (G1), znany wariant ryzyka dla FSGS, który jest obecny u 29% Afroamerykanów, ale jest rzadkim wariantem (0,03%) u europejskich Amerykanów. To odkrycie było również widoczne w zestawie kontrolnym, w którym 7 z 55 dodatkowych próbek zostało zidentyfikowanych z tą mutacją. Ponieważ częstość alleli allelu APOL1 G1 w około 5500 próbkach Hispanic w zbiorze danych ExAC wynosiła tylko 0,5%, stanowi to znaczące wzbogacenie, niezależnie od domieszki Hispanic. Testowanie wzbogacania rzadkich wariantów w 20 wcześniej znanych genach FSGS. Badania rodzinne wykazały blisko 30 genów odpowiedzialnych za rodzinną FSGS (6). Aby ustalić, czy zbiór 20 z tych genów (Tabela uzupełniająca 5) jest również zaangażowany w sporadyczne FSGS, oceniliśmy częstości występowania przewidywanych szkodliwych, rzadkich wariantów kodowania (missense i loss-function z MAF <1%) w tych grupach. geny pacjentów i kontroli. Około 36,9% pacjentów (66 z 179) miało co najmniej przewidywany szkodliwy rzadki wariant w tych 20 genach w porównaniu z 3,4% kontroli (13 z 378) (wykaz wariantów przedstawiono w Tabelach dodatkowych 6 i 7). Rozkład wariantów między przypadkami rodzinnymi a sporadycznymi był podobny i zgodny z wcześniejszymi badaniami wykazującymi, że około 30% opornych na steroidy pacjentów z zespołem nerczycowym prezentowanych przed 25 rokiem życia ma wariant w jednym ze znanych genów choroby (38). Wystąpiła również różnica w całkowitej liczbie unikalnych rzadkich wariantów zidentyfikowanych u pacjentów (32,9%, 59 wariantów u 179 pacjentów) w porównaniu z grupą kontrolną (3,9%, 15 wariantów u 378 osób kontrolnych) (Tabela uzupełniająca 7). Istotność tego odkrycia została przetestowana przy użyciu analizy permutacji różnic w wariantach pomiędzy pacjentami i kontrolami we wszystkich potencjalnych losowych grupach 20 genów wybranych z naszej bazy danych zawierającej 1724 geny. Pokazało to jednak, że 27% losowych zestawów 20 genów miało podobne lub większe obciążenie rzadkimi wariantami w porównaniu z zestawem 20 genów FSGS. Sugeruje to, że nasz zbiór danych pacjenta zawiera dodatkowe geny podatności na nowe FSGS o silnych efektach genetycznych. Opracowanie wysokoprzepustowej metody sprawdzania potencjalnych genów u myszy. Ponieważ FSGS nie może być modelowany in vitro i większość badań potwierdzających jest obecnie wykonywana u danio pręgowanego (33, 39. 41), opracowaliśmy system genetyczny u myszy w celu zbadania funkcji kandydujących genów in vivo. Nasza strategia polegała na hamowaniu ekspresji kandydujących genów w podocytach myszy na podłożu genetycznym podatnym na rozwój FSGS. Myszy, które są heterozygotyczne pod względem 2 genów podocytów, Cd2ap i Synpo, rozwijają FSGS z niepełną penetracją (~ 25%. 50%) i znaczącą albuminurią występującą w około 6 miesiącu życia (42). Zakładając, że FSGS jest chorobą oligogenną, uzasadniliśmy, że obezwładnienie genu choroby bona fide na tym tle przyspieszy pojawienie się choroby. Wygenerowaliśmy linię komórek ES myszy, która była Cd2ap + /. i Synpo + /. przy użyciu standardowych metod [przypisy: ph metria, pekan, omega kleszczów ]